Если обмен с 1С регулярно останавливается на середине файла, чаще всего причина — одна некорректная запись где-то в потоке данных, которая обрывает обработку всего файла целиком вместо того, чтобы быть пропущенной.
Одна ошибка не должна ломать весь пакет
Если обработчик читает записи последовательно и падает с необработанным исключением на первой же некорректной записи, весь оставшийся файл просто не обрабатывается — важно оборачивать обработку каждой записи в отдельную защиту от ошибок, логируя проблемную запись и продолжая со следующей.
Проверьте на ограничение по времени выполнения
Для больших файлов остановка на середине может быть связана не с ошибкой данных, а с превышением лимита времени выполнения скрипта (типично для PHP на веб-хостинге) — здесь решение в переносе обработки в фоновую задачу без строгого лимита времени, а не в поиске «плохой» записи.
